MirSNP، یک پایگاه داده از پلی مورفیسم های تغییر دهنده مکان های هدف miRNA، SNP های مرتبط با miRNA را در SNP های GWAS و eQTLs شناسایی می کند

قیمت: 40,000 تومان

دانلود رایگان مقاله

خرید ترجمه مقاله

عنوان فارسی

MirSNP، یک پایگاه داده از پلی مورفیسم های تغییر دهنده مکان های هدف miRNA، SNP های مرتبط با miRNA را در SNP های GWAS و eQTLs شناسایی می کند

عنوان لاتین

MirSNP, a database of polymorphisms altering miRNA target sites, identifies miRNA-related SNPs in GWAS SNPs and eQTLs

سابقه و هدف: چندشکلی در نوکلئوتیدهای واحد متعدد(SNP) مرتبط با بیماری های خطرناک به وسیله مطالعات ارتباط ژنوم (GWAS) و مطالعات مکانهای کمی (eQTLs) انجام شده است. با این حال، تعداد کمی از این SNPs دارای عملکرد بیولوژیکی مشخص هستند. مطالعات اخیر نشان داد که SNPs درون مناطق 3'UTR ژن های حساسیت می توانند با تأثیر کارکرد miRNA ها بر صفات / بیماری های خطرناک تاثیر گذار باشند. این SNP 3'UTR های کاندیدهای عملکردی هستند و بنابراین محققین علاقمند به GWAS و eQTL هستند توضیحات: ما یک پایگاه داده آنلاین در دسترس MirSNP (http://cmbi.bjmu.edu.cn/mirsnp)، که مجموعه ای از SNPs انسانی در مکان های پیشنهادی miRNA-mRNA پیش بینی شده است، را ایجاد کردیم. ما 414،510 SNP را شناسایی کردیم که ممکن است با miRNA-mRNA مرتبط باشد. توضیح و تفسیر این SNPs اضافه شده است تا پیش بینی کند که آیا SNP درون مکان هدف miRNA-mRNA کاهش / شکسته یا افزایش / ایجاد شده است. با استفاده از پایگاه داده MirSNP در سه مجموعه داده های eQTL مغز، ما چهار SNPs گزارش نشده (rs3087822، rs13042، rs1058381 و rs1058398) را شناسایی کردیم که ممکن است بر روی اتصال miRNA تأثیر بگذارد و بنابراین بر بیان ژن های میزبان آنها در مغز تاثیر بگذارد. ما همچنین پایگاه داده MirSNP را به GWAS برای اسکیزوفرنی اعمال کردیم: هفتSNP پیش بینی شده مرتبط با miRNA (p <0.0001) در اسکیزوفرنی GWAS یافت شد. یافته های ما عملکرد احتمالی این مکانهای SNP را شناسایی کرده و اساسی برای تحقیقات کاربردی آینده ارائه می دهد. نتيجه گيري: MirSNP مي تواندSNPs مربوط با miRNA احتمالي از مطالعات GWAS و eQTLs تشخيص دهد و دستورالعملی براي تحقيقات كاربردي بعدي ارائه دهد.

Background: Numerous single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with complex diseases have been identified by genome-wide association studies (GWAS) and expression quantitative trait loci (eQTLs) studies. However, few of these SNPs have explicit biological functions. Recent studies indicated that the SNPs within the 3’UTR regions of susceptibility genes could affect complex traits/diseases by affecting the function of miRNAs. These 3’UTR SNPs are functional candidates and therefore of interest to GWAS and eQTL researchers. Description: We developed a publicly available online database, MirSNP (http://cmbi.bjmu.edu.cn/mirsnp), which is a collection of human SNPs in predicted miRNA-mRNA binding sites. We identified 414,510 SNPs that might affect miRNA-mRNA binding. Annotations were added to these SNPs to predict whether a SNP within the target site would decrease/break or enhance/create an miRNA-mRNA binding site. By applying MirSNP database to three brain eQTL data sets, we identified four unreported SNPs (rs3087822, rs13042, rs1058381, and rs1058398), which might affect miRNA binding and thus affect the expression of their host genes in the brain. We also applied the MirSNP database to our GWAS for schizophrenia: seven predicted miRNA-related SNPs (p < 0.0001) were found in the schizophrenia GWAS. Our findings identified the possible functions of these SNP loci, and provide the basis for subsequent functional research. Conclusion: MirSNP could identify the putative miRNA-related SNPs from GWAS and eQTLs researches and provide the direction for subsequent functional researches.