IMG-ABC: ویژگی های جدید برای تجزیه و تحلیل متابولیسم ثانویه باکتری ها و کشف خوشه ژن بیوسنتتیک هدفمند در هزاران ژنوم میکروبی

قیمت: 45,000 تومان

دانلود رایگان مقاله

خرید ترجمه مقاله

عنوان فارسی

IMG-ABC: ویژگی های جدید برای تجزیه و تحلیل متابولیسم ثانویه باکتری ها و کشف خوشه ژن بیوسنتتیک هدفمند در هزاران ژنوم میکروبی

عنوان لاتین

IMG-ABC: new features for bacterial secondary metabolism analysis and targeted biosynthetic gene cluster discovery in thousands of microbial genomes

متابولیت های ثانویه تولید شده توسط میکروب ها دارای قابلیت های بیولوژیکی متنوعی هستند که آنها را به عنوان منبع بالقوه ترکیبات مرتبط با بیوتکنولوژی مرتبط با فعالیت های ضد میکروبی، ضد سرطان و دیگر فعالیت ها می کند. پروتئین هایی که نیاز به سنتز کردن این محصولات طبیعی دارند، اغلب توسط خوشه های ژن های مشترک که خوشه های ژنی بیوسنتز (BCs) نامیده می شوند کدگذاری می شوند. به منظور پیشبرد اکتشاف متابولیسم ثانویه میکروبی، ما بزرگترین پایگاه داده قابل دسترس در آزمایشگاه تأیید شده و BCهای پیش بینی شده را بعنوان اطلس جامع ژنومهای میکربی خوشه های ژنی بیوسنتتیک (IMG-ABC) را بسط و توسعه دادیم (https: //img.jgi.doe. gov / abc ). در اینجا ما یک بروز رسانی از IMG-ABC را توضیح می دهیم که شامل ClusterScout، یک ابزار برای شناسایی هدفمند خوشه های ژن بیوسنتتیک سفارشی در 40000، ژنوم میکروبی جداسازی شده بوده و قابلیت جستجوی جدید برای پرس و جو در مورد بیش از 700000 BC از ژنوم های جداسازی برای خوشه هایی با ترکیب Pfam مشابه را دارد. ویژگی های اضافی اکتشاف سریع و تجزیه و تحلیل BC ها را از طریق دو ویژگی جدید تجسم تعاملی، یک نقشه heatmap تابعی و گراف شبکه ای شبیه BC فراهم می کند. این ابزار و ویژگی های جدید به ارزش اطلاعات جامع IMG-ABC از داده های BC اضافه کرده و موجب تسهیل تجزیه و تحلیل آن و تسریع کشف متابولیت ثانویه می شوند

Secondary metabolites produced by microbes have diverse biological functions, which makes them a great potential source of biotechnologically relevant compounds with antimicrobial, anti-cancer and other activities. The proteins needed to synthesize these natural products are often encoded by clusters of co-located genes called biosynthetic gene clusters (BCs). In order to advance the exploration of microbial secondary metabolism, we developed the largest publically available database of experimentally verified and predicted BCs, the Integrated Microbial Genomes Atlas of Biosynthetic gene Clusters (IMG-ABC) (https://img.jgi.doe.gov/abc/). Here, we describe an update of IMG-ABC, which includes ClusterScout, a tool for targeted identification of custom biosynthetic gene clusters across 40 000 isolate microbial genomes, and a new search capability to query more than 700 000 BCs from isolate genomes for clusters with similar Pfam composition. Additional features enable fast exploration and analysis of BCs through two new interactive visualization features, a BC function heatmap and a BC similarity network graph. These new tools and features add to the value of IMG-ABC’s vast body of BC data, facilitating their in-depth analysis and accelerating secondary metabolite discovery.