تشخیص اجزاء کشنده سنتزی با استفاده از سیستم CRISPR/Cas9

قیمت: 45,000 تومان

دانلود رایگان مقاله

خرید ترجمه مقاله

عنوان فارسی

تشخیص اجزاء کشنده سنتزی با استفاده از سیستم CRISPR/Cas9

عنوان لاتین

Identifying synthetic lethal targets using CRISPR/Cas9 system

مرگ خودبخودی سلول وقتی اتفاق می افتد که در اتفاق ژنتیکی هماهنگ با هم رخ دهد که برای بقای اجزاء سلولی زیانبار باشند. بررسی اهداف مرگ سنتزی بوسیله تکنولوژی RNAi جایگزین ترکیبات شیمیایی شده است رایج ترین تکنولوژی برای رسیدن به این مهم است. در این جا ما بر روی ملاحظات اصلی در طراحی سیستم CRISPR/Cas9 بر پایه ی بررسی آزمایشات تشخیص اجزاء مرگ سنتزی بحث می کنیم. این بحث ها شامل انواع CRISPR و شکل های مختلف سلولی دخیل در آزمایش و بهترین سازوکار های بررسی راه های انتخاب فنوتیپ های مطلوب از بین تمام جمعیت سلولی بود. یک مجموعه کامل از ژن ها می توان با استفاده از CRISPR/Cas9 بدست آید. بمنظور بررسی بهتر جهش های فقدان عملکرد سلول های هاپلوئیدی که مستقیما از نظر سازوکار های تغییر DNA دچار اشکال هستند باید مورد استفاده قرار بگیرند. در نمونه از روش های بررسی که بطور وسیع مورد استفاده قرار می گیرند شامل مطلعه دسته به دسته ویا جمعیتی انجام شده به دنبال انتخاب منفی و مثبت سلول هایی که از نظر فنوتیپی مناسب هستند می شوند. همچنین در مورد فواید استفاده از سیستم CRISPR/Cas9 نسبت به بقیه روش های RNAi بحث می شود. نهایتا بعضی مطالعات که در مورد بررسی وسیع ژنومی در سلول های انسانی وپیگیری های محاسباتی برای تشخیص فعل و انفعالات مرگ سنتزی هستند مورد بحث قرار می گیرند.

Synthetic lethality occurs when co-occurrence of two genetic events is unfavorable for the survival of the cell or organism. The conventional approach of high throughput screening of synthetic lethal targets using chemical compounds has been replaced by RNAi technology. CRISPR/Cas9, an RNA guided endonuclease system is the most recent technology for this work. Here, we have discussed the major considerations involved in designing a CRISPR/Cas9 based screening experiment for identification of synthetic lethal targets. It mainly includes CRISPR library to be used, cell types for conducting the experiment, the most appropriate screening strategy and ways of selecting the desired phenotypes from the complete cell population. The complete knockdown of genes can be achieved using CRISPR/Cas9 knockout libraries. For higher quality loss-of-function screens, haploid cells with defective homology-directed DNA repair mechanism could be used. Two widely used screening formats include arrayed and pooled screens followed by negative or positive selection of the cells with desired phenotype. However, pooled screening format with negative selection of cells serves the best. The advantages of using CRISPR/Cas9 system over the other RNAi approaches have also been discussed. Finally, some studies using CRISPR/Cas9 for genome-wide knockout screening in human cells and computational approaches for identification of synthetic lethal interactions have been discussed.