کاربرد توالی موازی حجیم در تعریف و اکتشاف DNA در سلول های بنیادی جنین انسان

قیمت: 38,000 تومان

دانلود رایگان مقاله

خرید ترجمه مقاله

عنوان فارسی

کاربرد توالی موازی حجیم در تعریف و اکتشاف DNA در سلول های بنیادی جنین انسان

عنوان لاتین

Application of massively parallel sequencing to microRNA profiling and discovery in human embryonic stem cells

ریز RNA ها (mRNA) در حال ظهور بعنوان تنظیم کننده های مهم فرایندهای بیولوژیکی می باشند که البته چندان خوب تعریف نشده اند. کلید توضیح بیش تر نقش آن ها، ایجاد لیست های کامل تر تعداد و تغییرات بیان در حالت های مختلف سلولی می باشد. در این جا، ما یک روش جدید برای بررسی بیان RNA های کوچک گزارش می دهیم که شامل ریز RNA ها، با استفاده از تکنولوژی توالی الیومینا می باشد. ما همچنین یک مجموعه از روش ها برای تفسیر توالی های حاصل از miRNA های شناخته شده، شناسایی تغییرپذیری در توالی های miRNA بالغ، و شناسایی توالی های متعلق به ژن های miRNA قبلا شناخته نشده ارائه می دهیم. کاربرد این روش برای RNA سلول های بنیادی جنین انسان قبل و بعد از افتراق آن ها به بدن های جنین، توالی ها و سطوح بیان 334 ژن شناخته شده بعلاوه ی 104 ژن جدید miRNA را آشکار ساختند. یکصدوهفتاد و یک توالی ریز RNA شناخته شده و 23 توالی ریز RNA جدید تفاوت های بیان قابل ملاحظه ای بین این دو حالت توسعه نشان دادند. به لطف افزایش تعداد توالی ها، این مجموعه ها نشان دهنده ی عمیق ترین نمونه برداری miRNA تا به امروز می باشند، که محدوده آن ها تقریبا 6 برابر بیان می باشد. هدف های پیش بینی شده ی miRNA های غنی شده در هر یک از نمونه ها، ویژگی های متداول مشترکی داشتند. هدف های ژن مشترک در افتراق، کنترل چرخه ی سلول، مرگ برنامه ریزی شده ی سلول، و تنظیم رونوشت، در بین هدف های ژن پیش بینی شده ی مرتبه-بالا قرار دارند.

MicroRNAs (miRNAs) are emerging as important, albeit poorly characterized, regulators of biological processes. Key to further elucidation of their roles is the generation of more complete lists of their numbers and expression changes in different cell states. Here, we report a new method for surveying the expression of small RNAs, including microRNAs, using Illumina sequencing technology. We also present a set of methods for annotating sequences deriving from known miRNAs, identifying variability in mature miRNA sequences, and identifying sequences belonging to previously unidentified miRNA genes. Application of this approach to RNA from human embryonic stem cells obtained before and after their differentiation into embryoid bodies revealed the sequences and expression levels of 334 known plus 104 novel miRNA genes. One hundred seventy-one known and 23 novel microRNA sequences exhibited significant expression differences between these two developmental states. Owing to the increased number of sequence reads, these libraries represent the deepest miRNA sampling to date, spanning nearly six orders of magnitude of expression. The predicted targets of those miRNAs enriched in either sample shared common features. Included among the high-ranked predicted gene targets are those implicated in differentiation, cell cycle control, programmed cell death, and transcriptional regulation.