سایت های نوترکیبی جمعیت خاص در منطقه MHC انسان

قیمت: 42,000 تومان

دانلود رایگان مقاله

خرید ترجمه مقاله

عنوان فارسی

سایت های نوترکیبی جمعیت خاص در منطقه MHC انسان

عنوان لاتین

Population-specific recombination sites within the human MHC region

بازآرایی ژنتیک شده توسط نوترکیبی یکی از نیروهای محرکه مهمی برای تکامل ژنوم است، و نوترکیبی شناخته شده برای غیر تصادفی، سایت های نوترکیبی با احتیاط در ژنوم رخ می دهد. نقشه برداری از سایت های نوترکیبی ثابت شده است که دشوار است، به ویژه، در منطقه MHC انسان که توسط هر دو تنوع جمعیت و ژن HLA پلی مورف بسیار پیچیده است. برای غلبه بر این مشکلات، افراد HLA تایپ شده از سه نماینده جمعیت: آسیا، اروپا و آفریقا برای تولید هاپلوتیپ HLA مرحله به مرحله استفاده شدند. هُموزیگوسیتی هاپلوتیپی بسط داده شده (EHH) قطعه ساخته شده از داده هاپلوتیپ مرحله به مرحله احتیاط EHH افت مربوط به وقایع نوترکیبی را نشان داد و مشاهده شد که این اثرها برای هر جمعیت متفاوت است. با کمال تعجب، اکثریت سایت های نوترکیبی شناسایی شده منحصر به فرد برای هر جمعیت، بیشتر از معمول هستند. سایت های منحصر به فرد نوترکیبی برای 8/56% (21/37از کل سایت) در گروه آسیایی، 50% (15/30 سایت) در اروپا و 3/62% (24/38 سایت) در آفریقای تشکیل می دهند. اعتبار سنجی در تایپ اسپرم سایت نوترکیبی شناخته شده از 45 Kb به اجرا درآمده HLA-F- (تلومر) نشان داد کهEHH یک روش کارآمد برای محدود کردن منطقه نوترکیبی به 826جفت باز بود، و این بیشتر تصفیه شده به 660 جفت باز توسط ترتیب دهی مجدد بود. این رویکرد به طور قابل توجهی نقشه برداری از معماری ژنومی درMHC انسانی افزایش یافته است، و در مطالعات برای شناسایی ژن خطر ابتلا به بیماری مفید خواهد بود.

Genetic rearrangement by recombination is one of the major driving forces for genome evolution, and recombination is known to occur in non-random, discreet recombination sites within the genome. Mapping of recombination sites has proved to be difficult, particularly, in the human MHC region that is complicated by both population variation and highly polymorphic HLA genes. To overcome these problems, HLA-typed individuals from three representative populations: Asian, European and African were used to generate phased HLA haplotypes. Extended haplotype homozygosity (EHH) plots constructed from the phased haplotype data revealed discreet EHH drops corresponding to recombination events and these signatures were observed to be different for each population. Surprisingly, the majority of recombination sites detected are unique to each population, rather than being common. Unique recombination sites account for 56.8% (21/37 of total sites) in the Asian cohort, 50.0% (15/30 sites) in Europeans and 63.2% (24/38 sites) in Africans. Validation carried out at a known sperm typing recombination site of 45 kb (HLA-F-telomeric) showed that EHH was an efficient method to narrow the recombination region to 826 bp, and this was further refined to 660 bp by resequencing. This approach significantly enhanced mapping of the genomic architecture within the human MHC, and will be useful in studies to identify disease risk genes