ژنوم پایگاه داده در طراحی ژنوم در ژنومهای تک سلولی

قیمت: 38,000 تومان

دانلود رایگان مقاله

خرید ترجمه مقاله

عنوان فارسی

ژنوم پایگاه داده در طراحی ژنوم در ژنومهای تک سلولی

عنوان لاتین

u-Genome: A Database on Genome Design in Unicellular Genomes

یوکاریوت های تک سلولی جزو اولين مواردی بودند که برای تعیین توالی ژنوم به دلیل اندازه کوچک ژنوم و تعاملات شان با انسان و طیف گسترده ای از حیوانات و گیاهان انتخاب شدند. در حال حاضر، به طور کامل ده توالی ژنتیکی تک سلولی به صورت عمومی آزاد شده اند و هر چه تعدادی ژنوم های تک سلولی در دسترس افزایش پيدا می کند، تجزیه و تحلیل ژنومیک مقایسه ای در این گروه از موجودات زنده آموزنده تر می شود. با این حال، انجام چنین تجزیه و تحلیلی بدون پلت فرم مناسبی برای جمع آوری نه تنها اطلاعات حاشیه ای اصلی بلکه اطلاعات مرتبط موجود در پایگاه داده های عمومی و یا به دست آمده با استفاده از روش بیوانفورماتیک مشترک سخت است. با هدف حل این مشکلات، ما یک پایگاه داده قابل دسترسی از طريق وب را با عنوان U - ژنوم، پایگاه داده طراحی ژنوم تک سلولی ، توسعه داديم. پايگاه داده در ارائه سه گونه از اطلاعات منحصر بفرد است : 1 ) پروتئين هایorthologous (2) پروتئین های paralogous و (3) توزیع های آماری در اگزون و اینترون، DNA intergenic و ارتباط بین آنها. ابزار، Uniview، که برای تجسم ساختار ژن برای ژن های فرد در ژنوم طراحی شده نیز یکپارچه شده است. این پایگاه داده در فهم طراحی ژنوم تک سلولی و معماری و مطالعات تکامل مربوطه دارای اهميت است.

Unicellular eukaryotes were among the first ones to be selected for complete genome sequencing because of the small size of their genomes and their interactions with humans and a broad range of animals and plants. Currently, ten completely sequenced unicellular genome sequences have been publicly released and as the number of available unicellular genomes increases, comparative genomics analysis within this group of organisms becomes more andmore instructive. However, such an analysis is difficult to carry out without a suitable platform gathering not only the original annotations but also relevant information available in public databases or obtained by applying common bioinformatics methods. With the aim of solving these difficulties, we have developed a web-accessible database named u-Genome, the unicellular genome design database. The database is unique in featuring three datasets namely (1) orthologous proteins (2) paralogous proteins and (3) statistical distributions on exons, introns, intergenic DNA and correlations between them. A tool, Uniview, designed to visualize the gene structures for individual genes in the genome is also integrated. This database is of importance in understanding unicellular genome design and architecture and evolution related studies.